Вслед за Сергеем Яшиным Департамент по культуре Москвы столь же стремительно освободил от должности директора «Новой оперы» Сергея Лысенко, кстати, лауреата Госпремии, который вместе с покойным Евгением Колобовым стоял у истоков театра.

Причины эти были озвучены на сайте ведомства: «основанием для расторжения послужили многочисленные претензии к организационной и финансово-хозяйственной деятельности директора...». Г-н Лысенко считает, что подобной формулировкой его опозорили на всю страну, и подает на Департамент по культуре в суд.

Вместо Лысенко временно исполняющим обязанности директора назначили Наталью Попович (председателя художественно-творческой коллегии), она также была сподвижницей Колобова в создании театра. Наталья Григорьевна, несмотря на разразившийся скандал, предельно спокойна в своих оценках:

— Нет, я не останусь директором — я творческий человек, — заявила она «МК», — на сей день есть две кандидатуры, вполне достойные, и Департамент культуры вместе с нами, разумеется, решает — кого из двух пригласить. Пока не могу вам сказать, кто это, 18 сентября у нас сбор труппы, на нем нового директора и представят...

- Наш театр — один из ведущих в Москве по отчетности финансовой, налоговой, бухгалтерской... - возражает Сергей Лысенко. - Что у меня, ревизия была? Что-то вскрылось нехорошее? Ни-че-го. Где претензии, покажите мне их! За 22 года ни одной! У меня 95% — средняя посещаемость! Это второй показатель после «Ленкома» по Москве. Даже не знаю, как он (Сергей Капков) выглядит. И не только со мной не встречался. Есть же совет директоров, который даже при Худякове (бывший глава Комитета по культуре Москвы) худо-бедно раз в два месяца собирался, пусть это совещательный орган, но мы задавали вопросы, ставили насущные проблемы... он даже не удосужился встретиться с советом директоров. 88 театров Москвы! Мне вчера звонит один директор: «Слушай, у тебя всегда была безупречная репутация, как это могло случиться?»

Сергей Лысенко был не просто руководителем, а знаковой фигурой для театра. В 1991 году он вместе с Евгением Колобовым и Натальей Попович стоял у истоков создания "Новой Оперы". С 1998 года становится исполнительным директором, а с 2003 года, после смерти Евгения Колобова, - директором театра. Хотя ни для кого не было секретом, что жизнь серьезно рассорила вдову Евгения Колобова Наталью Попович и Сергея Лысенко.