Бывший ректор Санкт-Петербургской консерватории, скрипач и дирижер Сергей Стадлер руководил ей с июня 2008 года, однако состоял в должности и.о. ректора вплоть до декабря 2009 года. В июне он был уволен приказом министра культуры РФ Александра Авдеева, а в начале августа подал в суд, сочтя свою отставку незаконной.

Обязанности ректора по настоящий момент исполнял Дмитрий Часовитин.