Являясь продолжением получившего признание критиков альбома Push the Sky Away (2013), «Skeleton Tree» был записан в течение 18 месяцев в студиях Retreat Recording Studios в Брайтоне, La Frette Studios в Ла-Фрет-сюр-Сен и Air Studios в Лондоне. Продюсерами выступили Ник Кейв, Уоррен Эллис и Ник Лаунай.

Во время записи альбома 15-летний сын Кейва Артур погиб в результате несчастного случая. 15 июля 2015 года Артур упал в расположенное неподалеку от студии в Брайтоне Овингдинское ущелье. Большая часть альбома была написана к моменту смерти сына, но несколько текстов песен были изменены Кейвом во время последующих сессий записи и затрагивают темы смерти, утраты и личного горя.

Nick Cave

Минималистичное звучание и «менее отшлифованный» саунд альбома Skeleton Tree включают элементы электроники и эмбиентной музыки и, как и в Push the Sky Away, широко используют синтезаторы, драм-машины и лупы. В нескольких песнях альбома применяются авангардные приемы, включая использование диссонантных музыкальных элементов и нестандартных песенных структур. Также отмечается, что аллегорические и часто импровизированные тексты Кейва менее ориентированы на повествование и персонажей, чем на предыдущих альбомах Bad Seeds.

Документальный фильм «One More Time with Feeling», рассказывающий о последствиях смерти сына Кейва и процессе записи альбома «Skeleton Tree», сопровождал выход альбома. Режиссёром фильма выступил Эндрю Доминик. Фильм вышел в ограниченный прокат и был задуман Кейвом для объяснения контекста и тем «Skeleton Tree» без интервью для СМИ. И фильм, и альбом получили широкое признание критиков.